Semua pusingan kalah-mati adalah pusingan dua leg - kecuali perlawananan akhir. Dalam situasi agregat jaringan adalah sama selepas 90 minit pada leg kedua, pemenang adalah pasukan yang menjaringkan lebih banyak gol di tempat lawan: Sekiranya jaringan pada kedua-dua perlawanan adalah sama, maka tambahan masa dimainkan. Peraturan gol di tempat lawan juga diaplikasikan di akhir tambahan masa sekiranya tiada gol dijaringkan di akhir perlawanan, maka keputusan akan ditentukan melalui sepakan penalti.

Pusingan kedua

Leg pertama telah dilangsungkan pada 20 dan 21 Februari, 2007, dengan leg kedua pada 6 dan 7 Mac, 2007.

Suku akhir

Pengundian bagi peringkat akhir, termasuklah suku akhir, separuh akhir dan akhir, telah diadakan pada hari Jumaat, 9 Mac 2007 pada 12:00 CET di Athens, Greece. Pengundian telah dijalankan oleh ad interim CEO UEFA Gianni Infantino, dibantu oleh Friedrich Stickler, pengerusi Jawatankuasa Pertandingan Kelab UEFA. Theodoros Zagorakis, kapten Greece pada Euro 2004, telah dilantik menjadi duta untuk pertandingan akhir.

Leg pertama telah dilangsungkan pada 3 dan 4 April dengan leg kedua pada 10 dan 11 April, 2007.

Separuh akhir

Leg pertama telah dilangsungkan pada 24 dan 25 April dengan leg kedua pada 1 dan 2 Mei, 2007.